根据你的描述,是因为体检后发现员工的身体健康状况欠佳,并有传染的可能性,公司与其商谈,建议员工离职治疗,虽然是以员工打书面报告以身体不适辞职的,但根据实际情况,更带有双方协商性,建议根据工作年限支付其经济补偿。
如果公司拒绝支付经济补偿,员工申请仲裁,公司的胜诉率不会很高,第一,员工患病(有体检报告,医院建议该员工需进一步复查治疗),根据劳动合同法第四十二条第三款的规定,企业不可以与患病在医疗期内的职工解除劳动合同;第二,企业进行操作,让员工领取失业金,根据失业保险条例,员工领取失业金的条件之一是非员工本人原因中断的。